История Медицинского училища № 9 началась 01.01.1950 года, когда "Медицинской школе при больнице имени Дзержинского" была предоставлена возможность расположиться в здании средней школы № 95 города Москвы, первый набор обучающихся составлял 30 человек. Первым директором был назначен Ефим Леонтьевич Гутерман, который был главным врачом Детской больницы им. Ф.Э. Дзержинского.
 С 01 сентября 1950 года Медицинское училище № 9 было расположено в корпусе № 4 Детской городской клинической больнице № 9. В соответствии с установленным учебным планом по итогам конкурса было принято 120 человек. Директором училища была назначена Штраус Васса Андреевна, возглавлявшая Медицинское училище № 9 более 20 лет, заместителем директора был назначен Семёнов Николай Лаврентьевич.
В 1977 году Медицинское училище № 9 разместилось в здании бывшей школы № 89, в целях расширения программы обучения была открыта вечерняя форма. В дальнейшем директорами училища были Эльперин М.А. и Грабовская Н.И. С 2001 года Медицинское училище № 9 возглавляет Абрамова Елена Викторовна.
  В 2012 году Государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования города Москвы Медицинское училище №9 Департамента здравоохранения города Москвы (ГОУ СПО МУ № 9 ДЗМ) переименовано в Государственное бюджетное образовательное учреждение среднего профессионального образования города Москвы «Медицинское училище №9 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБОУ СПО «МУ № 9 ДЗМ). (Приказ № 1873 от 26.12.2011 Департамента здравоохранения города Москвы).
  В соответствии с приказом Департамента здравоохранения города Москвы от 15.06.2015г. № 496 «О реорганизации государственных бюджетных образовательных учреждений среднего профессионального образования города Москвы» к ГБПОУ ДЗМ «Медицинский колледж №5» присоединено в качестве обособленного подразделения – филиал №3.
  Новое полное наименование: Государственное бюджетное профессиональное образовательное учреждение Департамента здравоохранения города Москвы «Медицинский колледж № 5» филиал № 3. Сокращенное наименование: ГБПОУ ДЗМ «МК № 5» филиал №3 . (Приказ Департамента здравоохранения города Москвы от 06.11.2015 г. № 935 «Об утверждении Устава Государственного бюджетного профессионального образовательного учреждения Департамента здравоохранения города Москвы «Медицинский колледж № 5»).

В 2017 году изменено наименование: Государственное бюджетное профессиональное образовательное учреждение Департамента здравоохранения города Москвы «Медицинский колледж № 5», обособленное подразделение № 3. Сокращенное наименование: ГБПОУ ДЗМ «МК № 5» ОП № 3. (Приказ Департамента здравоохранения города Москвы от 18.05.2017 г. № 358 «Об утверждении Устава Государственного бюджетного профессионального образовательного учреждения Департамента здравоохранения города Москвы «Медицинский колледж № 5»).